日本血栓止血学会の揺籃は”血栓及び止血に関する討議会”であり、１９７２年帝京大学第一内科教授安部　英の主唱で開催され、世話人は石川浩一（東京大学医学部教授）、神前五郎（大阪大学医学部教授）、田中健蔵（九州大学医学部教授）、広沢弘七郎（東京女子医科大学教授）、福武勝博（東京医科大学教授）で、第１回〜第６回は安部会長の主催により経団連会館（東京）で開催されたが、当時の会期は１会場２日間、一般演題約５０であった。

　この会が発展して１９７８年４月日本血栓止血学会評議員会が組織されたが、初代理事長に安部英が就任し、理事１１名が選出された。当時の会員数は約８００名であった。以後各地で年１回の学術集会を開催しているが、２００７年には鈴木宏治会長（三重大学大学院医学系研究科分子病態学教授）のもと第３０回学術集会が志摩市で開催される。２００７年現在会員数約１,２００名、学術集会は４会場３日間で、特別講演、学術奨励賞授賞講演、一般演題のほかにフォーラム、ランチョンセミナー、シンポジウムなども開催される。

　２００６年２月第１回SSCシンポジウムが東京にて開催された。以後毎年２月にSSCシンポジウムが開催される。

１９８９年に本学会共催のもと国際血栓止血学会　The XII Congress of the International Society on Thrombosis and Hemostasis、会長安部　英のもと東京で開催され、本学会の国際的地位を高めた。２０１１年にはThe XXIII Congress of the International Society on Thrombosis and Hemostasisが池田康夫会長のもと、京都にて開催されることが決定している。

　本会の機関誌は設立当初”血液と脈管”(Blood and Vessel)”（季刊）であったが、１９９０年から日本血栓止血学会誌(Japanese Journal of Thrombosis and Hemostasis ISSN 0915-7441、隔月刊）が発刊されて、総説、原著、症例報告、技術講座、トピックス等が掲載されている。